Restriction Fragments for ARS400



Send questions or suggestions to SGD

BLAST search | Genome Restriction Map | Design Primers for this sequence


The currently selected gene/sequence is :

ARS400 on chromosome IV from coordinates 137 to 1392.

seqfile=/share/crumb/www-data/html/tmp/gcgseq.tmp.4235.2

Start End Strand Enzyme_name Restriction_site 5prime 3prime 5primerev 3primerev 2 7 + TaqII CACCCA 18 16 . . 55 58 + SetI ASST 58 54 . . 59 63 + BsmAI GTCTC 64 68 . . 67 70 + SetI ASST 70 66 . . 73 76 + MnlI CCTC 83 82 . . 82 92 + BsaXI ACNNNNNCTCC 72 69 102 99 87 90 + SetI ASST 90 86 . . 88 91 + MnlI CCTC 98 97 . . 99 103 + MaeIII GTNAC 98 103 . . 118 122 + BccI CCATC 126 127 . . 119 123 - FokI GGATG 105 109 . . 119 123 - BseGI GGATG 118 116 . . 135 139 + BccI CCATC 143 144 . . 139 143 + BccI CCATC 147 148 . . 136 140 - FokI GGATG 122 126 . . 136 140 - BseGI GGATG 135 133 . . 158 163 + TsoI TARCCA 174 172 . . 163 167 + Tsp4CI* ACNGT 165 164 . . 166 171 + Hpy166II GTNNAC 168 168 . . 176 180 + Tsp4CI* ACNGT 178 177 . . 179 183 + MaeIII GTNAC 178 183 . . 184 187 + MnlI CCTC 194 193 . . 189 192 + TspEI AATT 188 192 . . 200 205 + MmeI TCCRAC 225 223 . . 236 240 + BccI CCATC 244 245 . . 237 241 - FokI GGATG 223 227 . . 237 241 - BseGI GGATG 236 234 . . 244 247 + FatI CATG 243 247 . . 244 247 + NlaIII CATG 247 243 . . 244 247 + CviAII CATG 244 246 . . 255 261 + TspRI CASTGNN 261 252 . . 256 260 + Tsp4CI* ACNGT 258 257 . . 258 263 + TatI WGTACW 258 262 . . 259 262 + Csp6I GTAC 259 261 . . 259 262 + RsaI GTAC 260 260 . . 261 265 + Tsp4CI* ACNGT 263 262 . . 274 277 + MnlI CCTC 284 283 . . 286 291 + AclI AACGTT 287 289 . . 287 290 + TaiI ACGT 290 286 . . 287 290 + SetI ASST 290 286 . . 287 290 + MaeII ACGT 287 289 . . 289 294 + Hpy166II GTNNAC 291 291 . . 289 294 + HpaI GTTAAC 291 291 . . 289 294 + HindII GTYRAC 291 291 . . 290 293 + MseI TTAA 290 292 . . 299 302 + DpnI GATC 300 300 . . 299 302 + BstKTI GATC 301 299 . . 299 302 + MboI GATC 298 302 . . 355 358 + AciI CCGC 355 357 . . 373 376 + SetI ASST 376 372 . . 374 378 + Hin4II* CCTTC 384 383 . . 371 375 - HphI GGTGA 363 362 . . 400 411 + AlfI GCANNNNNNTGC 389 387 423 421 401 410 + MslI CAYNNNNRTG 405 405 . . 404 408 + TspGWI ACGGA 419 417 . . 406 410 + FokI GGATG 419 423 . . 406 410 + BseGI GGATG 412 410 . . 407 411 - SfaNI GCATC 397 401 . . 411 416 + SfeI* CTRYAG 411 415 . . 400 411 - AlfI GCANNNNNNTGC 423 421 389 387 413 417 + Tsp4CI* ACNGT 415 414 . . 423 427 + BccI CCATC 431 432 . . 444 448 - TspDTI ATGAA 434 432 . . 452 462 + BsiYI* CCNNNNNNNGG 458 455 . . 452 462 + PflMI CCANNNNNTGG 458 455 . . 457 462 + DsaI* CCRYGG 457 461 . . 457 462 + StyI CCWWGG 457 461 . . 457 462 + NcoI CCATGG 457 461 . . 457 462 + SecI* CCNNGG 457 461 . . 458 461 + FatI CATG 457 461 . . 458 461 + NlaIII CATG 461 457 . . 458 461 + CviAII CATG 458 460 . . 461 464 + CviJI RGCY 462 462 . . 461 464 + HaeIII GGCC 462 462 . . 461 466 + NlaIV GGNNCC 463 463 . . 461 465 + BmgT120I GGNCC 462 463 . . 461 465 + AsuI* GGNCC 461 464 . . 482 485 + Csp6I GTAC 482 484 . . 482 485 + RsaI GTAC 483 483 . . 490 493 + CviRI* TGCA 491 491 . . 509 513 + BceAI ACGGC 525 527 . . 519 522 + MnlI CCTC 529 528 . . 519 525 + Bpu10I CCTNAGC 520 523 . . 519 525 + BbvCI CCTCAGC 520 523 . . 520 524 + DdeI CTNAG 520 523 . . 520 524 + BspCNI CTCAG 533 531 . . 520 524 + BseMII CTCAG 534 532 . . 522 527 + NspBII* CMGCKG 524 524 . . 524 527 - AciI CCGC 524 526 . . 540 550 + MwoI GCNNNNNNNGC 546 543 . . 580 583 + SetI ASST 583 579 . . 596 600 + TauI GCSGC 599 596 . . 596 600 + BlsI GCNGC 598 597 . . 596 600 + BisI GCNGC 597 598 . . 598 601 + CviJI RGCY 599 599 . . 598 601 + HaeIII GGCC 599 599 . . 598 603 + NlaIV GGNNCC 600 600 . . 598 602 + BmgT120I GGNCC 599 600 . . 598 602 + AsuI* GGNCC 598 601 . . 596 599 - AciI CCGC 596 598 . . 605 610 + SspI AATATT 607 607 . . 623 626 + MseI TTAA 623 625 . . 632 635 + TaiI ACGT 635 631 . . 632 635 + SetI ASST 635 631 . . 632 635 + MaeII ACGT 632 634 . . 650 654 + Tsp4CI* ACNGT 652 651 . . 653 658 + Hpy166II GTNNAC 655 655 . . 653 658 + BssNAI GTATAC 655 655 . . 653 658 + AccI GTMKAC 654 656 . . 659 664 + TsoI TARCCA 675 673 . . 668 671 + TspEI AATT 667 671 . . 688 693 + SspI AATATT 690 690 . . 703 707 - HphI GGTGA 695 694 . . 717 720 + SetI ASST 720 716 . . 715 719 - HphI GGTGA 707 706 . . 730 735 + SspI AATATT 732 732 . . 740 744 - MboII GAAGA 732 731 . . 766 769 + MseI TTAA 766 768 . . 768 771 + TspEI AATT 767 771 . . 772 776 - HgaI GACGC 761 766 . . 777 780 + MseI TTAA 777 779 . . 787 790 + FatI CATG 786 790 . . 787 790 + NlaIII CATG 790 786 . . 787 790 + CviAII CATG 787 789 . . 797 800 + MseI TTAA 797 799 . . 802 805 + MseI TTAA 802 804 . . 812 815 + MseI TTAA 812 814 . . 858 862 + Tsp4CI* ACNGT 860 859 . . 860 865 + TatI WGTACW 860 864 . . 861 864 + Csp6I GTAC 861 863 . . 861 864 + RsaI GTAC 862 862 . . 866 871 + SfeI* CTRYAG 866 870 . . 879 883 + HgaI GACGC 888 893 . . 891 895 - HphI GGTGA 883 882 . . 896 900 + BccI CCATC 904 905 . . 899 903 - MboII GAAGA 891 890 . . 920 924 + TfiI GAWTC 920 923 . . 920 924 + HinfI GANTC 920 923 . . 928 934 + TspRI CASTGNN 934 925 . . 932 936 + HgaI GACGC 941 946 . . 936 939 + FatI CATG 935 939 . . 936 939 + NlaIII CATG 939 935 . . 936 939 + CviAII CATG 936 938 . . 941 944 + MseI TTAA 941 943 . . 952 955 + TspEI AATT 951 955 . . 959 963 + Tsp4CI* ACNGT 961 960 . . 967 970 + CviJI RGCY 968 968 . . 968 972 + BlsI GCNGC 970 969 . . 968 972 + BisI GCNGC 969 970 . . 968 972 + TseI GCWGC 968 971 . . 971 981 + MwoI GCNNNNNNNGC 977 974 . . 972 976 + BccI CCATC 980 981 . . 968 972 - BbvI GCAGC 955 959 . . 976 979 + AciI CCGC 976 978 . . 973 977 - FokI GGATG 959 963 . . 973 977 - BseGI GGATG 972 970 . . 977 980 + FnuDII* CGCG 978 978 . . 978 981 + Hin6I GCGC 978 980 . . 978 981 + GlaI GCGC 979 979 . . 978 981 + HhaI GCGC 980 978 . . 996 999 + CviRI* TGCA 997 997 . . 999 1004 + SspI AATATT 1001 1001 . . 1013 1017 + TfiI GAWTC 1013 1016 . . 1013 1017 + HinfI GANTC 1013 1016 . . 1027 1030 - AciI CCGC 1027 1029 . . 1027 1031 - FauI CCCGC 1020 1022 . . 1041 1044 + TspEI AATT 1040 1044 . . 1051 1054 + SetI ASST 1054 1050 . . 1050 1053 - MnlI CCTC 1043 1042 . . 1055 1058 + FatI CATG 1054 1058 . . 1055 1058 + NlaIII CATG 1058 1054 . . 1055 1058 + CviAII CATG 1055 1057 . . 1056 1061 + EcoT22I ATGCAT 1060 1056 . . 1057 1060 + CviRI* TGCA 1058 1058 . . 1059 1062 + FatI CATG 1058 1062 . . 1059 1062 + NlaIII CATG 1062 1058 . . 1059 1062 + CviAII CATG 1059 1061 . . 1062 1065 + DpnI GATC 1063 1063 . . 1062 1065 + BstKTI GATC 1064 1062 . . 1062 1065 + MboI GATC 1061 1065 . . 1064 1068 + Hpy188I TCNGA 1066 1065 . . 1065 1069 + DdeI CTNAG 1065 1068 . . 1069 1072 + Csp6I GTAC 1069 1071 . . 1065 1069 - BspCNI CTCAG 1057 1055 . . 1065 1069 - BseMII CTCAG 1056 1054 . . 1069 1072 + RsaI GTAC 1070 1070 . . 1071 1081 + BaeI ACNNNNGTAYC 1060 1055 1093 1088 1074 1078 + Tsp4CI* ACNGT 1076 1075 . . 1077 1080 + Csp6I GTAC 1077 1079 . . 1077 1080 + RsaI GTAC 1078 1078 . . 1079 1082 + SetI ASST 1082 1078 . . 1080 1083 + MnlI CCTC 1090 1089 . . 1083 1086 + MaeI CTAG 1083 1085 . . 1085 1088 + SetI ASST 1088 1084 . . 1097 1100 + DpnI GATC 1098 1098 . . 1097 1100 + BstKTI GATC 1099 1097 . . 1097 1100 + MboI GATC 1096 1100 . . 1097 1101 - BinI* GGATC 1091 1092 . . 1099 1103 - TspGWI ACGGA 1089 1087 . . 1107 1111 + Tsp4CI* ACNGT 1109 1108 . . 1108 1114 + TspRI CASTGNN 1114 1105 . . 1110 1114 + Tsp45I GTSAC 1109 1114 . . 1110 1114 + MaeIII GTNAC 1109 1114 . . 1131 1134 + SetI ASST 1134 1130 . . 1131 1134 + CviJI RGCY 1132 1132 . . 1131 1134 + AluI AGCT 1132 1132 . . 1138 1148 + Hin4I GAYNNNNNVTC 1129 1124 1161 1156 1140 1143 + FatI CATG 1139 1143 . . 1140 1143 + NlaIII CATG 1143 1139 . . 1140 1143 + CviAII CATG 1140 1142 . . 1147 1150 + TaqI TCGA 1147 1149 . . 1138 1148 - Hin4I GAYNNNNNVTC 1161 1156 1129 1124 1152 1155 + SetI ASST 1155 1151 . . 1157 1162 + Hpy166II GTNNAC 1159 1159 . . 1171 1175 + MaeIII GTNAC 1170 1175 . . 1184 1188 + TspDTI ATGAA 1199 1197 . . 1186 1190 + TfiI GAWTC 1186 1189 . . 1186 1190 + HinfI GANTC 1186 1189 . . 1189 1193 - MboII GAAGA 1181 1180 . . 1193 1196 + FatI CATG 1192 1196 . . 1193 1196 + NlaIII CATG 1196 1192 . . 1193 1196 + CviAII CATG 1193 1195 . . 1191 1195 - TspDTI ATGAA 1181 1179 . . 1197 1201 + Hpy188I TCNGA 1199 1198 . . 1202 1207 + SnaBI TACGTA 1204 1204 . . 1202 1207 + BsaAI YACGTR 1204 1204 . . 1203 1206 + TaiI ACGT 1206 1202 . . 1203 1206 + SetI ASST 1206 1202 . . 1203 1206 + MaeII ACGT 1203 1205 . . 1213 1217 + HinfI GANTC 1213 1216 . . 1213 1217 - PleI GAGTC 1207 1208 . . 1213 1217 - MlyI GAGTC 1207 1207 . . 1229 1234 + SspI AATATT 1231 1231 . . 1236 1240 + Tsp45I GTSAC 1235 1240 . . 1236 1240 + MaeIII GTNAC 1235 1240 . . 1238 1249 + DrdI GACNNNNNNGTC 1244 1242 . . 1241 1244 + SetI ASST 1244 1240 . . 1241 1244 + CviJI RGCY 1242 1242 . . 1241 1244 + AluI AGCT 1242 1242 . . 1245 1248 + TaiI ACGT 1248 1244 . . 1245 1248 + SetI ASST 1248 1244 . . 1245 1248 + MaeII ACGT 1245 1247 . . #--------------------------------------- # # # AccI: # [GTMKAC] # 602 654 # # AciI: # [CCGC] # 51 72 169 229 355 380 # # AclI: # [AACGTT] # 287 969 # # AlfI: # [GCANNNNNNTGC] # 0 0 34 389 833 # # AluI: # [AGCT] # 14 110 1132 # # AsuI*: # [GGNCC] # 137 461 658 # # BaeI: # [ACNNNNGTAYC] # 33 163 1060 # # BbvCI: # [CCTCAGC] # 520 736 # # BbvI: # [GCAGC] # 301 955 # # BccI: # [CCATC] # 4 17 76 97 126 187 # 276 473 # # BceAI: # [ACGGC] # 525 731 # # BinI*: # [GGATC] # 165 1091 # # BisI: # [GCNGC] # 287 372 597 # # BlsI: # [GCNGC] # 286 372 598 # # BmgT120I: # [GGNCC] # 137 462 657 # # Bpu10I: # [CCTNAGC] # 520 736 # # BsaAI: # [YACGTR] # 52 1204 # # BsaXI: # [ACNNNNNCTCC] # 30 72 1154 # # BseGI: # [GGATG] # 17 101 118 176 284 560 # # BseMII: # [CTCAG] # 200 522 534 # # BsiYI*: # [CCNNNNNNNGG] # 458 798 # # BsmAI: # [GTCTC] # 64 1192 # # BspCNI: # [CTCAG] # 199 524 533 # # BssNAI: # [GTATAC] # 601 655 # # BstKTI: # [GATC] # 35 157 301 763 # # Csp6I: # [GTAC] # 8 179 208 223 259 379 # # CviAII: # [CATG] # 4 53 63 81 119 149 # 214 244 329 # # CviJI: # [RGCY] # 14 110 137 164 369 462 # # CviRI*: # [TGCA] # 61 198 491 506 # # DdeI: # [CTNAG] # 191 520 545 # # DpnI: # [GATC] # 35 158 300 763 # # DrdI: # [GACNNNNNNGTC] # 12 1244 # # DsaI*: # [CCRYGG] # 457 799 # # EcoT22I: # [ATGCAT] # 196 1060 # # FatI: # [CATG] # 4 53 64 81 119 149 # 214 243 329 # # FauI: # [CCCGC] # 236 1020 # # FnuDII*: # [CGCG] # 278 978 # # FokI: # [GGATG] # 17 101 105 196 297 540 # # GlaI: # [GCGC] # 277 979 # # HaeIII: # [GGCC] # 137 462 657 # # HgaI: # [GACGC] # 53 127 315 761 # # HhaI: # [GCGC] # 276 980 # # Hin4I: # [GAYNNNNNVTC] # 0 0 32 95 1129 # # Hin4II*: # [CCTTC] # 384 872 # # Hin6I: # [GCGC] # 278 978 # # HindII: # [GTYRAC] # 291 965 # # HinfI: # [GANTC] # 27 43 93 173 920 # # HpaI: # [GTTAAC] # 291 965 # # HphI: # [GGTGA] # 12 176 332 363 373 # # Hpy166II: # [GTNNAC] # 97 123 168 364 504 # # Hpy188I: # [TCNGA] # 57 133 1066 # # MaeI: # [CTAG] # 173 1083 # # MaeII: # [ACGT] # 11 42 287 345 571 # # MaeIII: # [GTNAC] # 21 61 65 80 98 931 # # MboI: # [GATC] # 35 160 298 763 # # MboII: # [GAAGA] # 75 159 290 732 # # MlyI: # [GAGTC] # 49 1207 # # MmeI: # [TCCRAC] # 225 1031 # # MnlI: # [CCTC] # 15 47 83 90 96 166 # 245 514 # # MseI: # [TTAA] # 5 10 11 20 129 143 # 290 315 333 # # MslI: # [CAYNNNNRTG] # 405 851 # # MwoI: # [GCNNNNNNNGC] # 279 431 546 # # NcoI: # [CCATGG] # 457 799 # # NlaIII: # [CATG] # 4 53 60 81 119 149 # 214 247 329 # # NlaIV: # [GGNNCC] # 137 463 656 # # NspBII*: # [CMGCKG] # 524 732 # # PflMI: # [CCANNNNNTGG] # 458 798 # # PleI: # [GAGTC] # 49 1207 # # RsaI: # [GTAC] # 8 178 208 223 260 379 # # SecI*: # [CCNNGG] # 457 799 # # SetI: # [ASST] # 4 6 8 12 20 21 # 28 38 46 51 52 58 # 85 86 200 207 334 # # SfaNI: # [GCATC] # 397 859 # # SfeI*: # [CTRYAG] # 390 411 455 # # SnaBI: # [TACGTA] # 52 1204 # # SspI: # [AATATT] # 25 42 83 230 269 607 # # StyI: # [CCWWGG] # 457 799 # # TaiI: # [ACGT] # 8 42 290 345 571 # # TaqI: # [TCGA] # 109 1147 # # TaqII: # [CACCCA] # 18 1238 # # TatI: # [WGTACW] # 258 396 602 # # TauI: # [GCSGC] # 599 657 # # TfiI: # [GAWTC] # 70 93 173 920 # # TseI: # [GCWGC] # 288 968 # # TsoI: # [TARCCA] # 174 501 581 # # Tsp45I: # [GTSAC] # 21 126 1109 # # Tsp4CI*: # [ACNGT] # 5 13 33 80 101 115 # 147 152 165 208 237 # # TspDTI: # [ATGAA] # 18 57 434 747 # # TspEI: # [AATT] # 89 100 184 188 216 479 # # TspGWI: # [ACGGA] # 167 419 670 # # TspRI: # [CASTGNN] # 142 180 261 673 # #--------------------------------------- #--------------------------------------- # Total_sequences: 1 # Total_length: 1256 # Reported_sequences: 1 # Reported_hitcount: 242 #---------------------------------------